L'Alliance Française de Morondava est administrée par un conseil d'administration composé de 13 membres, élus au scrutin secret pour 2 ans par l'assemblée générale.
Le conseil d'administration se réunit au moins quatre fois par an et a principalement pour fonctions de :
- Définir la politique financière, de conservation et d'extension du patrimoine de l'association.
- Approuver le plan annuel d'activités élaboré par le Directeur.
- Fixer les cotisations ordinaires et extraordinaires des membres de l'association.
- Accorder les délégations de signature nécessaires afin d'aider le Directeur dans sa gestion.
- Approuver le schéma d'organisation interne proposé par le Directeur.
- Exécuter les tâches que lui assigne l'Assemblée Générale.